J. Marecki, Księcia Kardynała Metropolia troska o Wawel, [w:] Historia i dziedzictwo. Księga jubileuszowa z okazji 45 rocznicy święceń kapłańskich i 70 rocznicy urodzin ks. prof. dra hab. Jacka Urbana, red. J. Kałużny, M. Smyth, Kraków 2023, s. 301-316.

J. Marecki, Relacje prymasa Stefana Wyszyńskiego z metropolią krakowską Karolem Wojtyłą, [w:] Prymas Stefan Wyszyński i Episkopat Polski, red. R. Łatka, D. Zamiatała, Warszawa 2023, s. 145-168.

J. Marecki, Wspomnienia z pracy duszpasterskiej ks. Adolfa Trusewicza CM, “Nasza Przeszłość”, t. 138:2022, s. 387-448. 

J. Marecki, “Nieznani sprawcy” z placu Sikorskiego w Krakowie : rzecz o pobiciu ks. Andrzeja Bardeckiego, “Pamięć i Sprawiedliwość. Biuletyn Głównej Komisji Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu Instytutu Pamięci Narodowej”, nr 2:2022, s. 467-486.

J. Mareckiego Świadomość osaczenia. Prymas Stefan Wyszyński „niewinnych” w Stoczku Warmińskim i Prudniku Śląskim, [w:] Historyk i świadek historii. Księga dedykowana Profesorowi Janowi Drausowi, red. M. Bukała, D. Iwaneczko, K. Kaczmarski, M. Krzysztofiński, Rzeszów 2022, s. 141-155

J. Marecki, Działalność bp. Franciszka Jopa jako wikariusza kapitulnego archidiecezji krakowskiej, [w:] Biskupi w rzeczywistości politycznej Polski “ludowej”, t. 2, czerwony. R. Łatka, Warszawa 2022, s. 150-159.

J. Marecki, Dobrym być dla ducha i ciała – kapłańska dewiza o. Kosmy Lenczowskiego OFMCap, [w:] Służyć człowiekowi. Ludzkie losy ukryte w archiwach, red. P. Andriejczuk, J. P. Wnuk, Kraków 2022, s. 19-30.

J. Marecki, Skąpość odzienia w polskiej heraldyce miejskiej, [w:] Nagość i odzienie, red. J. Marecki, L. Rotter, A. Giza, Kraków 2022, s. 171-196.

J. Marecki, Orzeł Biały w polskich herbach miejskich, “Studia Sandomierskie”, 28(2021), s. 69-94.

J. Marecki, Kardynał Adam Stefan Sapieha, [w] Świadek Dziejów Narodu. Kardynał Adam Stefan Sapieha (1867-1951) w dokumentach archiwalnych, (t. 1-5), Kraków 2020, s. 31-53.

J. Marecki, Common Legacy of the Cult of Saints and Blessed in the Member States of the Visegrad Four, [w:] The European Crucible of Diversities, Kraków 2020, s. 51-72.

J. Marecki, Inwentarz archiwum klasztoru Kapucynów w Krośnie, “Nasza Przeszłość”, t. 133:2020, s. 259-314.

J. Marecki, Patriotyczna działaność o. Ryszarda Ślebody OFMCap, [w:] Księża dla władzy groźni. Duchowni współpacujący z opozycją (1976-1989), t. 2, red. R. Łatka, Warszawa 2020, s. 257-273.

J. Marecki, Represje wobec katolickiego duchowieństwa w ostatniej dekadzie PRL, [w:] Sen o wolności, głód nadziei. Wokół protestu głodowego w Krakowie-Bieżanowie, red. C. Kuta, J. Marecki, Kraków 2019, s. 57-80.

J. Marecki, Generał Bolesław Nieczuja-Ostrowski (1907-2008) w służbie Bogu, Ojczyźnie i współrodakom, [w:] Inspektorat Miechów Związku Walki Zbrojnej – Armii Krajowej w walce. 106 DP „Dom” KBKZmot „Bank”. Sympozjum historyczne z okazji 110 rocznicy urodzin gen. Bolesława Nieczui-Ostrowskiego „Tysiąca” – 5 X 2017, Kraków 2019, s. 19-26.

J. Marecki, Niedokończone Msze Święte, [w:] Nie zabijaj. Nacjonalizm i ludobójstwo na Kresach wobec Kościoła, etyki chrześcijańskiej i zasad humanizmu, red. W. Osadczy, A. Kulczycki, Warszawa-Lublin 2019.

J. Marecki, The patron saints of Europe as role models for Europeans today, [w:] The Christian roots of European identity, Cerveny Kostelec 2019, s. 75-96.

J. Marecki, From the Pontifical Faculty of Theology in Krakow to the Pontifical University of John Paul II in Krakow. Part 1: 1954-1982, “The Person and the Challenges”, vol. 9 (2019), no 1, s. 5-21.

J. Marecki, Pod opieką Niepokalanej i św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Działalność Stowarzyszenia stanisławitów w Janowie Podlaskim, [w:] W Janowie Podlaskim u Jana Chrzciciela, red. B. Dudzińskiej, Janów Podlaski 2018, s. 15-78.

J. Marecki, Kościół katolicki w PRL. Między bullą Episcoporum Poloniae coitus a wyborem kard. Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową, [w:] Dzieje Kościoła katolickiego na Pomorzu Zachodnim, t. 3: 1972-1978, red. M. Siedziako, Z. Stanuch, G. Wejman, Szczecin-Warszawa 2018, s. 11-41.

J. Marecki, Bonifratrzy w służbie chorych w II Rzeczypospolitej, [w:] Bracia miłosierni – życie w służbie chorych i potrzebujących. Materiały przygotowane na międzynarodową konferencję naukową zorganizowaną 13 października 2018 roku w Cieszynie dla upamiętnienia 320-tej rocznicy rozpoczęcia budowy tutejszego konwentu i szpitala bonifratrów oraz setnej rocznicy służby bonifratrów w Polsce odrodzonej, red. M. Kuśka, Cieszyn 2018, s. 241-266.

J. Marecki, Bonifratrzy w służbie chorych w II Rzeczypospolitej, [w:] Bracia Miłosierni – życie w służbie chorych i potrzebujących, red. M. Kuśka, Cieszyn 2018, s. 241-266.

J. Marecki, Teologiczne i społeczne przesłanie herbu bp. Edwarda Frankowskiego [w:] Chrystus vincit. Księga dedykowana Biskupowi Edwardowi Frankowskiemu w 80. rocznicę urodzin, Kraków-Rzeszów-Stalowa Wola, Toruń 2017, s. 79-86.

J. Marecki, Czas kobiet niezwykłych. Służebnica Boża Kaziemiera Gruszczyńska i jej epoka, “Wspólnota honoracka Pismo Rodziny Honorackiej”, nr 2:2017, R XVIII, s. 13 – 24.

J. Marecki, Dzieje parafii Bóbrka w latach 1925 – 2015, [w:] Ks. Antoni Dziurzycki (1868 – 1925) Proboszcz i badacz kościoła w Bóbrce koło Dukli, red. S. Haręzgi, Przemyśl – Sandomierz 2017, s.109 – 190.

J. Marecki, Tło społeczno-polityczne działąności Kościoła katolickiego w Galicji na przełomie XIX i XX wieku Problemy wybrane, [w:] Ks. Antoni Dziurzycki (1868 – 1925) Proboszcz i badacz kościoła w Bóbrce koło Dukli, red. S. Haręzgi, Przemyśl – Sandomierz 2017, s. 19 – 40.

J. Marecki, Kształcenie archiwistów kościelnych na Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie, [w:] Zabezpieczenie i udostępnienie archiwalnych zasobów archiwów kościelnych, red. A. Laszuk, Waszawa 2016, s. 283 – 295.

J. Marecki, Represje wobec sióstr zakonnych na ziemiach polskich w latach 1944-1989, [w:] Represje systemukomunistycznego wobec zakonów w Polsce, red. J. Figiel, Kraków 2016, s. 13 – 36.

J. Marecki, Karmelici bosi w Krakowie do końca XVIII wieku [w:] Prace Komisji Naukowych PAN Oddział w Katowicach, red. A. Burghardt, Katowice 20016,s 240 – 242.

J. Marecki, Atmosfera religijna w miejscu internowania Prymasa Stefana Wyszyńskiego w Stoczku Warmińskim w świetle donosów informatora o pseudonimie „Krystyna” [w:] „Bić takiego wroga jak kler”. Osoby duchowne i zakonne w miejscach odosobnienia za żelazną kurtyną, red. J. Marecki, M. Grądzka-Rejak, Kraków 2016, s. 59 – 78.

J. Marecki, Życie codzienne kapucynów krośnieńskich, “Nasza Przeszłość”, nr 126:2016, s. 191-232.

J. Marecki, Zasób i sposoby ochrony polskich archiwów zakonnych. Zagadnienia wybrane [w:] Ochrona dóbr kultury. Aktualne wyzwania, red. M. Różański, N. Kasparek, Łódź 2016, s. 109 – 122.

J. Marecki, Znaki Miłosierdzia w krajobrazie kulturowym Krakowa na przełomie XIX i XX wieku [w:] Symbol-znak- rytuał. Misericordia Domini, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2016, s. 65 – 95.

J. Marecki, Priorytety politykiwyznaniowej w Polsce “ludowej” w latach 1944-1949, “Glaukopis”, nr 33:2016, s. 212-226.

J. Marecki, Matka Klara Szczęsna na tle epoki ze szczególnym uwzględnieniem Krakowa [w:] Błogosłąwiona Klara Ludwika Szczęsna Apostołka Serca Jezusowego oddana dziełom miłosierdzia, red. J. Kupczewska, Kraków 2016, s. 21-41.

J. Marecki, Kłosy w polskiej herldyce świeckiej, [w:] Symbol znak rytuał. Krajobraz semantyczny wsi i miast, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2016, s. 145 – 174.

J. Marecki, Uczeni w habity przyoleczeni, “Folia Historica Cracoviensia”, t. 21:2015, s. 79-102.

J. Marecki, Dominikanie krakowscy w świetle sprawozdań funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa z lat 1945–1956 [w:] Komunistyczny aparat represji wobec polskiej prowincji dominikanów, red. M. Miławicki, M. Wenklar, Kraków 2015, s. 250-269.

J. Marecki, Początki duszpasterstwa wakacyjnego w archidiecezji krakowskiej na przełomie lat pięćdziesiątych i sześćdziesiątych XX w. – wybrane problemy [w:] Duszpasterstwa środowiskowe w latach 1945-1989. archidiecezja krakowska, red.

J. Marecki,C. Kuta, Kraków 2014, s. 77-99.

J. Marecki, Herby zakonnych wspólnot benedyktyńskich na ziemiach polskich, [w:] “Spem suam Deo committere” – szkice benedyktyńskie, Historia-Duchowość – Kultura, red. W. Szetelnicki, Legnica 2014, s. 55 – 87.

J. Marecki, Barwa w heraldyce [w:] Symbol – znak – przesłanie. Barwy i kształty, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2014, s. 65 – 86.

J. Marecki, Zasoby archiwów zakonnych w Polsce – podobieństwa i różnice [w:] Archiwa kościelne w służbie społeczeństwu, red. M. Różański, Łódź 2014, s. 63 – 74.

J. Marecki, C. Kuta, Kiedy Kościół był ostoją [w:] Duszpasterstwa środowiskowe w latach 1945-1989. archidiecezja krakowska, Kraków 2014, s. 11-29.

J. Marecki, Ignacy Domeyko (1802 – 1889) z Niedźwiadki Wielkiej w Ziemi Nowogródzkiej [w:] Wielcy Polacy z Wileńszczyzny i Kresów północno – wschodnich, red. J. Marciak – Kozłowska, Białystok BUK 2014, s. 195 – 204.

J. Marecki, Duszpasterski Synod Archidiecezji Krakowskiej 1972-1979 jako próba recepcji Soboru Watykańskiego II [w:] Studia soborowe. Historia i recepcja Vaticanum II, red. Michał Białkowski, Toruń 2014, s. 609-635.

J. Marecki, Komunistyczne państwo wobec wspólnot zakonnych [w:] Komunistyczny aparat represji wobec jezuitów Prowincji Polski Południowej, red. A. P. Bieś, F. Musiał, Kraków 2014, s. 9-24.

J. Marecki, Znaki i symbolika śmierci w polskiej heraldyce zakonnej [:] Symbol – znak – rytuał. Od narodzin do śmierci, Kraków 2014, s. 145-164.

J. Marecki, „Położyć kres łajdackiemu zachowaniu się żołnierzy rosyjskich”. Armia Czerwona na Podhalu [w:] Wojska radzieckie w Polsce 1939-1993, red. S. Dąbrowski, K. Jaworska, W. W. Szetelnicki, Legnica 2013, s. 177-194.

J. Marecki, Totus Tuus Poloniae populus – nowa organizacja Kościoła katolickiego obrządku łacińskiego w Polsce [w:] In perdifficili peregrinatione –pośród trudów pielgrzymowania, red. M. Majewski, W. W. Szetelnicki, Legnica 2013, s. 43-54.

J. Marecki, Stosunki Państwo-Kościół w Polsce w okresie stalinowskich represji [w:] Stosunki Państwo-Kościół w Polsce 1944-2010. Studia i materiały, red. R. Łatka, Kraków 2013, s. 25-39.

J. Marecki, Ramię i dłoń w polskiej heraldyce [w:] Symbol – znak – przesłanie. Wytwory rąk człowieka, Kraków 2013, s. 131-148.

J. Marecki, Herb miejski na polskiej powojennej monecie obiegowej [w:] Habent omnia tempora sua. Prace ofiarowane ks. prof. dr hab. Januszowi Wyciśle, red. Z. Gogola, Kraków 2013, s. 317-330.

J. Marecki, Katolicy polscy pod rządami komunistów [w:] Stanisław Gabański, Dobrze! Zapiski kleryka-żołnierza (1965-1967), wstęp i opracowanie J. Marecki, Kraków 2013, s. 5-44.

J. Marecki, Pomnik „nieznanej miejscowości” [w:] J. Wieliczka-Szarkowa, Wołyń we krwi 1943, Kraków 2013, s. 9-13.

J. Marecki, Działalność duszpasterzy katolickich w zbrojnych formacjach polskiego podziemia, [w:] Stanowiliśmy jedną walczą rodzinę, Kraków 2013, s. 29-44.

J. Marecki, Herby województw i ziem polskich w „Statucie Laskiego” [w:] Archiwa i kancelarie w służbie Kościoła i nauki, red. W. P. Wlaźlak, W. Zawitkowska, Rzeszów 2012, s. 131-142.

J. Marecki, Zasady opracowania spuścizn osób duchownych [w:] Ochrona zasobu archiwów kościelnych, red. A. Laszuk, Warszawa 2012, s. 65-77.

J. Marecki, Propaganda władzy w polskiej numizmatyce w latach 1949-1989 (fragment większej całości) [w:] Symbol – znak – rytuał. Doświadczenie władzy, Kraków 2012, s. 51-79.

J. Marecki, Wyobrażenia Jezusa, Maryi i św. Józefa w heraldyce zakonnej [w:] Symbol – znak – przesłanie. Symbolika człowieka, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2011, s. 151-180.

J. Marecki, Codzienne oraz liturgiczne ubiory osób duchownych i zakonnych w polskiej heraldyce miejskiej [w:] Symbol – znak – przesłanie. Symbolika stroju, red.

J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2011, s. 107-140.

J. Marecki, W trosce o archidiecezję. Wytyczne abpa Adama Stefana Sapiehy na wypadek wojny [w:] Historia bliższa ludziom. Prace ofiarowane księdzu profesorowi Janowi Kracikowi w 70. rocznice urodzin, red. E. E. Wróbel, R. Szczurowski, Kraków 2011, s. 285-296.

J. Marecki, Miejsce wybrane Anny Kaworek [w:] Pielgrzymowanie w wierze, red. D. Ryll, Miejsce Piastowe 2011, s. 165-180.

J. Marecki, Symbolika hagiograficzna świętych i błogosławionych noszących imię Stanisław [w:] Kapłan. Historyk. Pedagog. Księga pamiątkowa ks. infułata dra Stanisława Grada z okazji 70-lecia urodzin i 35-lecia pracy dydaktycznej w Wyższym Seminarium Duchownym w Łodzi, Łódź 2011, s. 251-265.

J. Marecki, Episkopat galicyjski trzech obrządków w okresie rządów arcybiskupa Józefa Bilczewskiego [w:] Święty Arcybiskup Lwowa, red. W. Osadczy, Lublin-Lwów 2011, s. 63-92.

J. Marecki, Działalność aparatu bezpieczeństwa wobec wspólnot zakonnych na terenie Małopolski, Wieliczki i okolicy w latach 1944-1975, [w:] 159 spotkanie z cyklu „Wieliczka – Wieliczanie”, red. J. Duda, „Biblioteczka Wielicka”, zeszyt 104, s. 7-26.

J. Marecki, Pani niepodległa – siostra Szarytka Izabela Maria Zofia Łuszczkiewicz [w:] Niezłomni ludzie Kościoła. Sylwetki, red. J. Żaryn, Kraków 2011, s. 77-94.

J. Marecki, Sławomir Radoń nie żyje, „Biuletyn IPN”, nr 1-2 (122-123): 2011, s. 172.

J. Marecki, Błogosławiona Bernardyna Maria Jabłońska, „Folia Historica Cracoviensia”, t. 15/16:2009/2010, s. 403-414.

J. Marecki, Błogosławiona Maria Angela Truszkowska, „Folia Historica Cracoviensia”, t. 15/16:2009/2010, s. 339-347.

J. Marecki, Błogosławiony Honorat Koźmiński, „Folia Historica Cracoviensia”, t. 15/16:2009/2010, s. 245-264.

J. Marecki, Godła zakonne. Próba charakterystyki [w:] Symbol – znak – przesłanie. Heraldyka kościelna, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2010, s. 9-18.

J. Marecki, Wyobrażenia drzew w polskiej heraldyce miejskiej, [w:] Ogród Pana, red. J. Brusiło, Kraków 2010, s. 131 – 154.

J. Marecki, Osadnictwo niemieckie na ziemi sądeckiej pod koniec XVIII wieku w świetle metryki józefińskiej [w:] Wielokulturowość na Sądecczyźnie, Nowy Sącz 2010, s. 49-66.

J. Marecki, Kochał Boga, Ojczyznę i ludzi. O. Ryszard Śleboda 0 bytomski proboszcz i duszpasterz środowisk robotniczych [w:] „Tyś jest kapłanem na wzór…”. Ks. Jerzy Popiełuszko w Bytomiu. 8 X 1984 r., red. A. Sznajder, Katowice 2010, s. 55-75.

J. Marecki, Zbigniew Faryna – stachanowiec krakowskiej bezpieki [w:] Kościół katolicki w czasach komunistycznej dyktatury. Między bohaterstwem a agenturą, t. 3: Studia i materiały, red. M. Lasota, J. Szczepaniak, Kraków 2010, s. 297–328.

J. Marecki, „Uczeni i sławieni ludzie” [w:] Historicus Polonus-Hungarus, red. T. Gałuszka, M. Miławicki, B. Zágorhidi Czigány, Kraków 2010, s. 383-398.

J. Marecki, Państwo a Kościół katolicki w latach 1945-1989. „Walka o rząd dusz” [w:] Polityka władz państwowych wobec Kościoła katolickiego na Pomorzu Zachodnim i ziemi lubuskiej w latach 1945-1989, red. T. Ceynowa, P. Knap, Szczecin 2010, s. 9-22.

J. Marecki, Działania bezpieki wobec zakonów na Podhalu, „Biuletyn Instytutu Pamięci Narodowej”, nr 1-2 (108-109): 2010, s. 63–67.

J. Marecki, Wymagania stawiane archiwistom kościelnym (fragment większej całości), „Wiadomości Archidiecezji Częstochowskiej”, R. 83: 2009, nr 7-8, s. 14–25.

J. Marecki, Życie zakonne w średniowieczu. Zarys problematyki [w:] Studia do dziejów klasztorów małopolskich w średniowieczu, red. J. Marecki, L. Rotter, Katowice 2009, s. 9–27.

J. Marecki, Działania aparatu bezpieczeństwa wobec kurii tarnowskiej w latach 1946-1959 [w:] Aparat bezpieczeństwa wobec kurii biskupich w Polsce, red. A. Dziurok, Warszawa 2009, s. 354-387.

J. Marecki, Zwierzęta w polskiej filatelistyce okresu PRL-u. Ssaki, [w:] Symbol – znak – przesłanie. Symbolika zwierząt, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2009, s. 317–348.

J. Marecki, Działania aparatu bezpieczeństwa wobec bernardynów z klasztoru w Kalwarii Zebrzydowskiej w latach 1945-1975. Zarys problematyki [w:] Strażnicy sowieckiego imperium. Urząd Bezpieczeństwa i Służba Bezpieczeństwa w Małopolsce 1945-1990, red. F. Musiał, M. Wenklar, Kraków 2009, s. 395–426.

J. Marecki, Osioł i wół – świadkowie narodzenia Jezusa?, [w:] Symbol – znak – przesłanie. Symbolika zwierząt, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2009, s. 9–20.

J. Marecki, Porywczy kleryk, „Biuletyn Instytutu Pamięci Narodowej”, nr 7 (102): 2009, s. 58–61.

J. Marecki, Wpływ religii chrześcijańskiej na obrzędowość ludową na ziemiach Europy Środkowo-Wschodniej, [w:] Współczesność wspólnot chrześcijańskich w perspektywie socjologicznej, red. P. Grygiel, D. Wojakowski, Rzeszów 2009, s. 199–210.

J. Marecki, Podstawowe pojęcia archiwalne (cz. 4). Pomoce archiwalne, „Archiwa Ecclesiastica”, R. 5: 2008, nr 5, s. 79-90 [publikacja ukazała się w 2013 r.]

J. Marecki, Święci dominikańscy jako patronowie świątyń w Polsce w XVIII i XX stuleciu. Studium porównawcze patrociniów na terenie południowo-wschodnich ziem Rzeczypospolitej [w:] Święty Jacek i dziedzictwo dominikańskie, red. E. Mateia, A. Pobóg-Lenartowicz, M. Rowińska-Szczepaniak, Opole 2008, s. 427-439 [publikacja ukazała się w 2009 r.]

J. Marecki, Wezwania świątyń diecezji łuckiej [w:] Fides. Ars. Stientis. Studia dedykowane pamięci Księdza Kanonika Augustyna Mednisa, red. A. Betlej, J. Skrabski, Tarnów 2008, s. 91-106.

J. Marecki, F. Musiał, Kard. Adam Stefan Sapieha. „Nie ustąpiłem Niemcom, tym bardziej nie ustąpię teraz…” [w:] Niezłomni. W obronie Ojczyzny i Kościoła. Komunistyczna bezpieka wobec biskupów polskich, Kraków 2008, s. 7-132.

J. Marecki, F. Musiał, Wstęp [w:] Niezłomni. W obronie Ojczyzny i Kościoła. Komunistyczna bezpieka wobec biskupów polskich, Kraków 2008, s. 5-6.

J. Marecki, Dzieje Wieliczki, [w:] Prace Komisji Naukowych PAN Oddział w Katowicach, red. A. Burghardt, Katowice 2008, s. 15–17.

J. Marecki, F. Musiał, Krakowska opoka – kardynał Adam Sapieha, [w:] Partia z narodem, naród z Kościołem, red. F. Musiał, J. Szarek, Kraków 2008, s. 35–47.

J. Marecki, Kościół katolicki wobec ludobójstwa na wschodnich kresach II Rzeczypospolitej. Zarys problematyki, [w:] Zagłada Polaków na kresach II Rzeczypospolitej. Stosunki polsko-ukraińskie w latach 1939-1945. Materiały pomocnicze do nauczania historii Polski XX wieku, red. E. Juśko, Tarnów 2008, s. 73–81.

J. Marecki, Archiwa Europy Środkowej. Wspólne dziedzictwo, wspólna przyszłość. “Archiva Ecclesiastica”, nr 5:2008, s. 105 – 108.
J. Marecki, „Boga należy bardziej słuchać, aniżeli ludzi”, „Biuletyn IPN” nr 10 (93):2008, s. 53-61.

J. Marecki, F. Musiał, Krakowska opoka – kardynał Adam Sapieha, „Biuletyn IPN”, nr 10 (93): 2008, s. 45–52.

J. Marecki, Likwidacja Niższego Seminarium Duchownego Księży Zmartwychwstańców w Krakowie w 1952 roku w świetle zachowanych dokumentów aparatu bezpieczeństwa, [w:] Introibo ad altare Dei. Księdzu Profesorowi Stefanowi Koperkowi z okazji 70-lecia urodzin i 45-lecia kapłaństwa, Kraków 2008, s. 921–949.

J. Marecki, Dyskusja panelowa. Formy współpracy duchowieństwa z systemem komunistycznym. Bilans strat i zysków na przykładzie Wspólnoty Augustiańskiej od czasu kasaty, [w:] Augustianie w latach 1905-1950. Odrodzenie ducha augustiańskiego w klasztorze św. Katarzyny Aleksandryjskiej na Kazimierzu w Krakowie: okres międzywojenny i trudne wydarzenia roku 1950, Kraków 2008, s. 114–136.

J. Marecki, „Uderzenie było nagłe i niespodziewane”. Likwidacja domów zakonnych Augustianów w Krakowie w świetle zachowanych dokumentów, [w:] Augustianie w latach 1905-1950. Odrodzenie ducha augustiańskiego w klasztorze św. Katarzyny Aleksandryjskiej na Kazimierzu w Krakowie: okres międzywojenny i trudne wydarzenia roku 1950, Kraków 2008, s. 66–96.

J. Marecki, Archiwa kościelne i ich funkcjonowanie w obecnym prawodawstwie Kościoła katolickiego, [w:] Lex et praxis. Prawodawstwo archiwalne, Kraków 2007, s. 55-66.

J. Marecki, Ś.p. „pan profesor“ Wacław Kolak (1923-2007), „Archiva Ecclesiastica”, R. 4: 2007, nr 4, s. 149–157.

J. Marecki, Podstawowe pojęcia archiwalne (cz. 3). Kancelaria, „Archiva Ecclesiastica”, R. 4: 2007, nr 4, s. 19–34.

J. Marecki, Wyobrażenia hagiograficzne w polskich herbach miejskich, [w:] Cnoty i wady. Społeczeństwo baroku po obu stronach Karpat, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2007, s. 105–152.

J. Marecki, Kościół wobec wyborów w 1947 roku, [w:] Koniec jałtańskich złudzeń. Sfałszowane wybory – 19 I 1947, red. M. Wenklar, Kraków 2007, s. 151–176.

J. Marecki, Wyobrażenia roślinne na polskich monetach obiegowych (od średniowiecza do II wojny światowej), [w:] Symbolika roślin Heraldyka i symbolika chrześcijańska, Kraków 2007, s. 195–217.

J. Marecki, Rośliny w heraldyce (fragment większej całości), [w:] Symbolika roślin Heraldyka i symbolika chrześcijańska, Kraków 2007, s. 7-43.

J. Marecki, F. Musiał, Wprowadzenie, [w:] Niezłomni. Nigdy przeciw Bogu. Komunistyczna bezpieka wobec biskupów polskich, Kraków 2007, s. 5-43.

J. Marecki, Tematyka religijna w filatelistyce ukraińskiej, [w:] Studia historyczne ofiarowane Romanowi Marii Zawadzkiemu w 70. rocznicę urodzin, Kraków 2006, s. 289-313.

J. Marecki, F. Musiał, E. Zając, Wprowadzenie, [w:] T. Isakowicz-Zaleski, Księża wobec bezpieki na przykładzie archidiecezji krakowskiej, Kraków 2007, s. 15-28.

J. Marecki, Likwidacja niższych seminariów zakonnych na terenie woj. krakowskiego, [w:] Kościół katolicki w czasach komunistycznej dyktatury. Między bohaterstwem a agenturą, t. 1: Materiały i studia, red. R. Terlecki, J. Szczepaniak, Kraków 2007, s. 135-164.

J. Marecki, O. Kornel Gadacz. Zasłużony archiwista i historiograf, „Archiva Ecclesiastica”, R. 3: 2006, nr 3, s. 111-115.

J. Marecki, Archiwum krakowskiej Prowincji Kapucynów w Krakowie, „Archiva Ecclesiastica”, R. 3: 2006, nr 3, s. 95-100.

J. Marecki, Podstawowe pojęcia archiwalne (cz. 2), „Archiva Ecclesiastica”, R. 3: 2006, nr 3, s. 79-93.

J. Marecki, Wyobrażenia Maryi w otoczeniu świętych na przykładzie kolekcji o. Wacława Nowakowskiego, [w:] Pośrednicy łask, Kraków 2006, s. 89-114.

J. Marecki, Świętość w kontekście historycznym. Wpływ kultu świętych na rozwój pobożności, „Almanach Sądecki”, R. 15: 2006, nr 3/4 (56/57), s. 5-33.

J. Marecki, Śpiewanie i granie u oo. Kapucynów, [w:] Pochwalony bądź, Panie…, oprac. E. L. Martynów, Gdańsk 2006, s. 8-9.

J. Marecki, Symbolika biblijno-zoologiczna w godłach zakonnych, [w:] Biblia w kulturze świata. Interpretacja i symbolika, red. T. Jelonek, L. Rotter, Kraków 2006, s. 55-88.

J. Marecki, „Mowa jego płynęła ze szczerego serca” – Wacław Nowakowski OFMCap. [w:] Wielcy kaznodzieje Krakowa. Studia in honorem prof. Eduardi Staniek, red. K. Panuś, Kraków 2006, s. 383 – 394.

J. Marecki, Sanktuaria zakonne na ziemiach polskich na przełomie XVII i XVIII wieku, [w:] Kultura intelektualna w zakonach polskich w XVII i XVIII wieku, red. M. Łobozek, Kraków 2006, s. 25-56.

J. Marecki, Pierwsze wieki obecności kapucynów w Polsce, [w:] „Z ziemi włoskiej do polskiej…”. Przybycie i zakorzenienie Zakonu Kapucynów w Polsce, red. A. Derdziuk, Lublin 2006, s. 15-80.

J. Marecki, Kształtowanie i profilowanie zasobu przez archiwistę, [w:] Zatroskani o ślady przeszłości Archiwista kościelny we współczesnej rzeczywistości, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2005, s. 43-55.

J. Marecki, Podstawowe pojęcia archiwalne (cz. 1), „Archiva Ecclesiastica”, R. 2: 2005, nr 2, s. 25-35.

J. Marecki, Godła wspólnot kamedulskich. Próba interpretacji. „Folia Historica Cracoviensia”, t. 11: 2005, s. 51-72.

J. Marecki, Działania operacyjne aparatu bezpieczeństwa wobec męskich wspólnot zakonnych na terenie województwa krakowskiego w latach 1945-1975, [w:] Informator. Nr 25, red. A. Bandura, S. Rospond, Kraków 2005, s. 76-113.

J. Marecki, Godło i symbole Zgromadzenia Sióstr świętego Feliksa z Kantalicjo. Próba interpretacji, [w:] Skarby krakowskich klasztorów. Zbiory sióstr felicjanek, red. M. Niezabitowski, Kraków 2005, s. 15-28.

J. Marecki, Działalność bpa L. Łętowskiego, [w:] Prace Komisji Naukowej, z. 29, Katowice 2005, s. 14-15.

J. Marecki, Biblioteka klasztoru Kapucynów w Krakowie, [w:] Bibliofilia consecrata, red. K. Wójtowicz, Kraków 2005, s. 36-50.

J. Marecki, Wpływ świętych na rozwój i kształt średniowiecznej Europy, [w:] Czasy katedr – czasy uniwersytetów. Źródła jedności narodów Europy, red. W. Sajdek, Lublin 2005, s. 67-86.

J. Marecki, Wpływ sztuki karmelitańskiej na kształtowanie się życia religijnego w Polsce, [w:] Cztery wieki karmelitów bosych w Polsce. 1605-2005, red. A. Ruszała, Kraków 2005, s. 303-316.

J. Marecki, Miłość Boga i Ojczyzny drogą uświęcenia, [w:] Dziedzictwo polskich świętych przełomu XIX i XX wieku, red. J. Marecki, K. Panuś, Kraków 2005, s. 89-112.

J. Marecki, Kształtowanie się bibliotek kapucyńskich na przykładzie księgozbioru w Krakowie, [w:] Kościół w Polsce. Dzieje i kultura, t. 4, red. J. Walkusz, Lublin 2005, s. 65-88.

J. Marecki, L. Rotter, Męskie i żeńskie wspólnoty zakonne, [w:] Archidiecezja krakowska na przełomie tysiącleci, Kraków 2004, s. 141-152.

J. Marecki, Posyberyjskie losy o. Edwarda z Sulgostowa – Wacława Nowakowskiego (1875 – 1903), „Studia Laurentiana”, R. 4:2004, nr 1, s. 25–42.

J. Marecki, Osoby konsekrowane – patronami Europu, [w:] Europa Consecrada, red. K. Wójtowicz, Kraków 2004, s. 75 – 84.

J. Marecki, Godła i symbole zakonu szpitalnego św. Jana Bożego. Próba interpretacji, [w:] Skarby krakowskich klasztorów. Zbiory Bonifratrów, Kraków 2004, s. 37-46.

J. Marecki, Kraków końca niewoli i początków niepodległości, [w:] Cracovia sacra – krakowscy święci i błogosławieni przełomu XIX i XX wieku, Kraków 2004, s. 9-28.

J. Marecki, Kształtowanie się bibliotek kapucyńskich na przykładzie księgozbioru w Krakowie, [w:] Kościół w życiu publicznym. Teologia polska i europejska wobec nowych wyzwań, t. 2, Lublin 2004, s. 419-422.

J. Marecki, Karmelici bosi w kręgu zainteresowań aparatu bezpieczeństwa PRL na terenie województwa krakowskiego w świetle zachowanych sprawozdań kierowanych do MBP i MSW w latach 1947-1970, „Folia Historica Cracoviensia”, t. 10: 2004, s. 251-282.

J. Marecki, Wizerunki i symbolika Niepokalanej w heraldyce zakonnej, [w:] Maria Immaculata. 150. rocznica ogłoszenia dogmatu o Niepokalanym Poczęciu NMP, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2004, s. 117-140.

J. Marecki, Tradycyjny system informacyjny w praktyce archiwów kościelnych, „Archiwa, Biblioteki i Muzea Kościelne”, t. 81:2004, s. 13-22.

J. Marecki, Gościnność franciszkańska – początki, tradycja. Zwyczaje wspólnot męskich, [w:] Hospitalitas consecrata, red. K. Wójtowicz, Kraków 2003, s. 69-90.

J. Marecki, Zakony męskie w Galicji na początku XX wieku. „Vita Consecrata”, R. 4: 2003, nr 4(55), s. 51-58.

J. Marecki, Męskie zakony i zgromadzenia zakonne w Galicji w przededniu I wojny światowej. „Studia Saletyńskie”, 3:2003, s. 89-131.

J. Marecki, Nasza świątynia, [w:] Trzysta lat konsekracji kościoła kapucynów pw. Zwiastowania Pańskiego w Krakowie, Kraków 2003, s. 6-19.

J. Marecki, Działalność patriotyczna, [w:] Trzysta lat konsekracji kościoła kapucynów pw. Zwiastowania Pańskiego w Krakowie, Kraków 2003, s. 22-29.

J. Marecki, Domek Loretański, [w:] Trzysta lat konsekracji kościoła kapucynów pw. Zwiastowania Pańskiego w Krakowie, Kraków 2003, s. 30-33.

J. Marecki, „Pan Profesor”, „Krakowski Rocznik Archiwalny”, t. 9: 2003, s. 11-12.

J. Marecki, Rzymskokatolickie zakony i zgromadzenia zakonne w archidiecezji lwowskiej w latach pasterskiej posługi arcybiskupa Józefa Bilczewskiego, [w:] Błogosławiony Józef Bilczewski arcybiskup metropolita lwowski obrządku łacińskiego, Kraków 2003, red. J. Wołczański, s. 103-130.

J. Marecki, Stowarzyszenie stanisławitów (1928-1955). „Folia Historica Cracoviensia”, t. 9: 2003, s. 105-133.

J. Marecki, Brat Baltazar Cekus. Archiwista IV Zarządu Głównego Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość, [w:] Studia i rozprawy ofiarowane profesorowi Tytusowi Górskiemu, Kraków 2003, s. 123-149.

J. Marecki, Zmarli. Albin Janocha OFMCap, „Studia Franciszkańskie”, t. 12: 2002, s. 701-703.

J. Marecki, Wstęp do pamiętnika Józefa Nowosieleckiego. „Dzieje Podkarpacia”, t. 6: 2002, s. 9-11.

J. Marecki, Wstęp do pamiętnika Franciszka Gadzały, „Dzieje Podkarpacia”, t. 6: 2002, s. 43-46.

J. Marecki, Czy Ojciec Pio był samotny?, [w:] Samotność chciana i niechciana, Kraków 2002, s. 74-77.

J. Marecki, Rola i znaczenie Kościołów na Kresach Południowo-Wschodnich II Rzeczypospolitej, [w:] Polacy i Ukraińcy dawniej i dziś, red. B. Grott, Kraków 2002, s. 13–36.

J. Marecki, O. Wacław Nowakowski (1829-1903) jako badacz kultu maryjnego, „W Nurcie Franciszkańskim”, t. 10: 2001, s. 87-107 [czasopismo ukazało się w maju 2002].

J. Marecki, O. Czesław Szuber – duszpasterz, rekolekcjonista i misjonarz ludowy. Próba omówienia archiwaliów, „Studia Laurentiana”, R. 1: 2001, nr 1, s. 115-136.

J. Marecki, Archidiecezja krakowska w latach 1912-1962, [w:] Kościół krakowski w tysiącleciu, Kraków 2000, s. 384-450.

J. Marecki, Godła i symbole Zgromadzenia Córek Matki Bożej Bolesnej (Serafitek). Próba interpretacji, [w:] Dziedzictwo duchowe Córek Matki Bożej Bolesnej. 100-lecie konsekracji kościoła Sióstr Serafitek w Oświęcimiu pod wezwaniem Matki Bożej Bolesnej, red. D. Lechowicz i Z. J. Kijas., Oświęcim-Kraków 2000, s. 103-130.

J. Marecki, Święci polscy w okresie niewoli narodowej, [w:] Kanonizacje a nowa ewangelizacja, red. S. Koperek, Kraków 2000, s. 47-74.

J. Marecki, Formacja zakonna i kapłańska w Krakowskiej Prowincji Kapucynów w latach II wojny światowej (1939-1945), [w:] W kręgu dziejów Kościoła i rodziny franciszkańskiej, red. R. Prejs, Warszawa 1999, s. 129-164.

J. Marecki, Z czasem zapomniany kult błogosławionych fundatorów staniąteckich, [w:] Bibliografia – Literatura – Kultura. Księga pamiątkowa ofiarowana Profesor Wacławie Szelińskiej, red. M. Konopka, M. Zięba, Kraków 1999, s. 401-419.

J. Marecki, Godło franciszkańskie, [w:] Komentarz do konstytucji generalnych Mniszek Trzeciego Zakonu Regularnego Świętego Franciszka z Asyżu zwanych w Polsce bernardynkami, Kraków 1999, s. 153-158.

J. Marecki, Śp. o. Zdzisław Rzeszutek OFMCap. (1918-1998). „Ruch Biblijny i Liturgiczny”, R. 52:1999, nr 4, s. 84-86.

J. Marecki, Zmarli. Rzeszutek Zdzisław OFMCap. „Studia Franciszkańskie”, t. 10:1999, s. 486-489.

J. Marecki, Działalność oświatowa i patriotyczna kapucynów prowincji krakowskiej w okresie II wojny światowej. „Zeszyty Historyczne” (in honorem Jan Związek), t. 4: 1997, s. 211-238.

J. Marecki, Wstęp, [w:] P. Biliński, Żywoty sławnych biskupów krakowskich, Kraków 1998, s. 5-6.

J. Marecki, Godło franciszkańskie – jego historia i symbolika. „W Nurcie Franciszkańskim”, 7:1998, s. 263-271.

J. Marecki, Godło i symbole Zgromadzenia Sióstr Maryi Niepokalanej. Próba interpretacji, [w:] Stulecie Sióstr Maryi Niepokalanej w Branicach (1898-1998), red. J. Kopiec, Opole 1998, s. 69-93.

J. Marecki, Instytucje naukowe klasztoru kapucynów w Krakowie, [w:] 300 lat klasztoru kapucynów w Krakowie. 1695-1995. Księga pamiątkowa, red. J. Marecki, Kraków 1997, s. 175-210.

J. Marecki, Między Lwowem, Krakowem i Kazachstanem. „Cracovia Leopolis”, R. 3:1997, nr 4 (12), s. 23-24.

J. Marecki, Konwent kapucynów we Lwowie – Zamarstynowie (1903 – 1946). „Folia Historica Cracoviensia” , t. 3: 1996, s. 171-215.

J. Marecki, Architektura i wystrój klasztorów kapucyńskich, [w:] Zakon Braci Mniejszych Kapucynów na Dolnym Śląsku i we Wrocławiu, Wrocław 1996, s. 25-35.

J. Marecki, Portret króla Jana III, [w:] Tron pamiątek. 1696 – 1996, Warszawa 1996, s. 100.

J. Marecki, Baldachim, [w:] Tron pamiątek. 1696 – 1996, Warszawa 1996, s. 162.

J. Marecki, Kabinet króla Jana III, [w:] Tron pamiątek 1696 – 1996, Warszawa 1996, s. 172-173.

J. Marecki, Represje wobec kapucynów prowincji krakowskiej w latach II wojny światowej. „Studia Franciszkańskie”, t. 7: 1996, s. 311-351.

J. Marecki, Program heraldyczny Henryka Uziembły w kapitularzu wawelskim. „Folia Historica Cracoviensia”, t. 4-5: 1996, s. 235-259.

J. Marecki, Tradycje Konfederacji Barskiej w krakowskim klasztorze kapucynów. „Analecta Cracoviensia”, 27:1995, s. 511-525.

J. Marecki, Imponujący korowód furmanek – czyli odsiecz Ostroga. „Ostróg”, R. 4:1995, nr 13, s. 17-19.

J. Marecki, Kapucyni na Krakowskim Rynku w Krzysztoforach. „Studia Franciszkańskie”, t. 6:1994, s. 313-314.

J. Marecki, Próba przedstawienia i oceny działalności duszpasterskiej o. Serafina Kaszuby w Kazachstanie, [w:] Sługa Boży o. Serafin Kaszuba (1910-1977), red. J. Marecki, Kraków 1994, s. 67-78.

J. Marecki, Kalendarium życia i działalności Sługi Bożego o. Serafina Kaszuby, [w:] Sługa Boży o. Serafin Kaszuba (1910-1977), red. J. Marecki, Kraków 1994, s. 79-97.

J. Marecki, Kult Matki Bożej Loretańskiej w Polsce. „Folia Historica Cracoviensia”, t. 2: 1994, s. 61-74.

J. Marecki, Domek Loretański przy klasztorze kapucynów w Krakowie. „Studia Franciszkańskie”, 5:1992, s. 253-287.