Książki
J. Marecki, Status Animarum. Studia z dziejów parafii Wrocanka z I połowy XX wieku, Kraków 2023.
K. Gruszczyńska, Historia Zgromadzenia S. S. Franciszkanek od Cierpiących, opr. J. Marecki, L. Czermińska, Kraków 2019.
Inwentarz archiwum konwentu bonifratrów w zebrzydowicach, opr. M. Kuśka, J. Marecki, Zebrzydowice 2017.
Stanisław Gabański, Dobrze! Zapiski kleryka-żołnierza (1965-1967), wstęp i opr. J. Marecki, Kraków 2013.
Księga kasowa konwentu bonifratrów w Cieszynie z lat 1833–1844, opr. J. Marecki, M. Kuśka, tłum. J. Grudniewski, B. Kalinowska-Wójcik, Cieszyn 2012.
Instrukcje, wytyczne, okólniki dyrektor Departamentu V MBP dotyczące działań przeciwko Kościołowi Katolickiemu w latach 1945-1953, opr. J. Marecki, A. Durdziok, F. Musiał, Kraków-Katowice 2012.
Repertorium konwentu bonifratrów w Cieszynie z 1724 roku, opr. J. Marecki, M. Kuśka, tłum. P. Stanko, Cieszyn 2010.
Kronika Szkoły Podstawowej we Wrocance. 1942-1999, opr. J. Marecki, Krosno 2009.
Kronika klasztoru Kapucynów w Krośnie. Tom I. 1753-1828, opr. J. Marecki, Kraków 2003.
Kronika Szkoły Ludowej we Wrocance. 1879-1942, opr. J. Marecki, Kraków 2001.
R. Kranc, Z Ostroga na Kołymę, opr. J. Marecki, W. Kowalow, Kraków 1998.
Kronika klasztoru OO. Kapucynów w Drohobyczu, opr. J. Marecki, Wrocław 1996.
Artykuły
J. Marecki, Wspomnienia z pracy duszpasterskiej ks. Adolfa Trusewicza CM, “Nasza Przeszłość”, t. 138:2022, s. 387-448.
J. Marecki, Milatyn Nowy 1906-1946. Archidiecezja Lwowska – Dekanat Gliniany. Edycja źródła, “Nasza Przeszłość”, t.136:2021, s. 225-247.
Pamiętnik pobytu benedyktynek zesłanych do Alwerni, opr. J. Marecki [w:] „Bić takiego wroga jak kler”. Osoby duchowne i zakonne w miejscach odosobnienia za żelazną kurtyną, red. J. Marecki, M. Grądzka-Rejak, Kraków 2016, s. 229 – 284.
Prześladowania ludności polskiej przez Ukraińców w Jazłowcu i okolicy podczas II wojny światowej, “Fides Ratio et Patria Studia Toruńskie”, nr 5: 2016, s. 125-167
Diariusz niesprawiedliwej i okropnej niewoli, opr. J. Marecki, „Krakowski Rocznik Archiwalny”, t. 17: 2011, s. 193-208 [rocznik ukazał się w 2012].
Referat Urzędu do Spraw Wyznań „Ocena działalności kleru w województwie krakowskim”, opr. J. Marecki, [w:] Represje wobec Kościoła w krajach bloku wschodniego. Komuniści przeciw religii po 1944 roku, Seria „Kościół w okowach”, Kraków 2011, s. 235-263.
Weszli przemocą i wyrzucają”. Eksmisja sióstr Marianek z klasztoru w Branicach, opr. J. Marecki, „Zeszyty Historyczne WiN-u”, nr 32-33: 2010, s. 694-708.
Kard. Adam Stefan Sapieha. Nie ustąpiłem Niemcom, tym bardziej nie ustąpię teraz…, oprac. J. Marecki, F. Musiał [w:] W obronie Ojczyzny i Kościoła.
Komunistyczna bezpieka przeciw biskupom polskim, red. J. Marecki, F. Musiał, Kraków 2008.
Sprawozdanie z pracy Wydziału VI Wojewódzkiego Urzędu do Spraw Bezpieczeństwa Publicznego w Krakowie za okres od września 1955 do 30 września 1956 roku, wstęp i tekst źródłowy opr. J. Marecki , [w:] Kościół katolicki w czasach komunistycznej dyktatury. Między bohaterstwem a agenturą, t. 2: Materiały i studia, red. R. Terlecki, J. Szczepaniak, Kraków 2008, s. 267–302.
Bp Jan Pietraszko. Świadectwo świętości w aktach SB, opr. J. Marecki, F. Musiał [w:] Niezłomni. Nigdy przeciw Bogu. Komunistyczna bezpieka wobec biskupów polskich, Kraków 2007, s. 231-416.
Protokół wizytacji dekanalnej parafii Borszczów, opr. J. Marecki, „Krakowski Rocznik Archiwalny”, t. 10:2004, s. 229-237.
Franciszek Gadzała, Pamiętnik z niewoli rosyjskiej i opis położenia jeńców austriacko-niemieckich od roku 1914 do 1918, opr. J. Marecki, „Dzieje Podkarpacia”, t. 6: 2002, s. 47-82.
Pamiętnik [Józefa Nowosieleckiego], opr. J. Marecki, „Dzieje Podkarpacia”, t. 6: 2002, s. 11-43.
Najstarszy z zachowanych inwentarzy klasztoru kapucynów w Winnicy, opr. J. Marecki [w:] Pasterz i twierdza. Księga jubileuszowa dedykowana Księdzu Biskupowi Janowi Olszańskiemu ordynariuszowi diecezji w Kamieńcu Podolskim, pod red. J. Wołczańskiego, Kraków-Kamieniec Podolski 2001, s. 91-111.
Ksienie klasztoru staniąteckiego, opr. J. Marecki, „Krakowski Rocznik Archiwalny”, t. 6: 2000, s. 99-121.
Br. Teofila Kowalika opis Liszek, opr. J. Marecki, „Krakowski Rocznik Archiwalny”, t. 5:1999, s. 169-180.
Listy Agatona Gillera do o. Wacława Nowakowskiego z lat 1878-1887, opr. J. Marecki, „Krakowski Rocznik Archiwalny”, t. 4:1998, s. 103-118.
Kronika Hospicjum OO. Kapucynów we Wrocławiu. 1947-1955 (cz. 1). opr. J. Marecki, „Głos Parafian”, [wyd. Wrocław] 14(1997) s. 5-6; (cz. 2), 15(1997), s. 5-6; (cz. 3), 16(1997), s. 5-6; (cz. 4), 17(1997), s. 5-6; c.d. (cz. 5). 1(1998) s. 5-9; (cz. 6) 2(1998), s. 5-8.
Sepulti fratres nostri, opr. J. Marecki, [w:] 300 lat klasztoru kapucynów w Krakowie 1695 – 1995. Księga pamiątkowa, red. J. Marecki, Kraków 1997, s. 237-248.
Najstarszy inwentarz klasztoru Kapucynów w Krakowie, opr. J. Marecki, „Krakowski Rocznik Archiwalny”, t. 3: 1996, s. 99-113.