J. Marecki, Misterium iniquitatis. Osoby duchowne i zakonne obrządku łacińskiego zamordowane przez ukraińskich nacjonalistów w latach 1939–1945, Kraków 2020.

J. Marecki, M. Kuśka, Inwentarz Archiwum Konwentu Bonifratrów w Zebrzydowicach, Zebrzydowice 2017.

R. Łatka, J. Marecki, Kościół katolicki w Polsce rządzonej przez komunistów, Warszawa 2017.

J. Marecki, Represje wobec osób duchownych i zakonnych na terenie woj. krakowskiego 1944-1975. Leksykon biograficzny, t. 2, Kraków 2016.

J. Marecki, Represje wobec osób duchownych i zakonnych na terenie woj. krakowskiego 1944-1975. Leksykon biograficzny, t. 1, Kraków 2014.

J. Marecki, L. Rotter, Jak czytać wizerunki świętych. Leksykon atrybutów i symboli hagiograficznych, wyd. 2 oprawione, Kraków 2013.

J. Marecki, M. Kuśka, Inwentarz Archiwum Klasztoru Bonifratrów w Cieszynie, Cieszyn 2012.

J. Marecki, W służbie przeszłości i nauki, Kraków 2012.

J. Marecki, L. Rotter, Relikwie. Historia, cuda, kult, Kraków 2012.

J. Marecki, L. Rotter, Koloniści niemieccy na ziemi sądeckiej, Nowy Sącz 2010. praca przetłumaczona na j. niemiecki Deutsche Kolonisten in Sandezer Land, Nowy Sącz 2010; oraz na j. angielski: German settlers in the Sądecczyzna Land, Nowy Sącz 2010..

J. Marecki, L. Rotter, Jak czytać wizerunki świętych. Leksykon atrybutów i symboli hagiograficznych, Kraków 2009.

J. Marecki, Zakony w Polsce, Warszawa 2009.

J. Marecki, Zakony pod presją bezpieki. Aparat bezpieczeństwa wobec wspólnot zakonnych na terenie województwa krakowskiego 1944-1975, seria: „Kościół w okowach”, Kraków 2009.

J. Marecki, Całopalna ofiara. Sługa Boży ojciec Hieronim Franciszek Longawa, Niżna Łąka-Wrocanka-Krosno 2009.

J. Marecki, Zakony. Tajemnice mnichów i klasztorów, Warszawa 2009.

J. Marecki, Kancelaria duszpasterzy legionowych i ich działalność duszpasterska na podstawie zbiorów Archiwum Krakowskiej Prowincji Kapucynów w Krakowie. Katalog wystawy, Kraków 2004.

J. Marecki, R. Prejs, Zarys historii kapucynów w Polsce, Kraków 2004.

J. Marecki, W. Kolak, S. Radoń, Inwentarz Archiwum Benedyktynek w Staniątkach, Kraków 2003.

J. Marecki, Dzieje Zakonu Kapucynów w okresie II Rzeczypospolitej, Kraków 2000.

J. Marecki, Zakony w Polsce, Kraków 2000.

J. Marecki, Mortuologium. Zmarli zakonnicy i dobrodzieje polskiej, ruskiej oraz galicyjskiej – obecnie krakowskiej prowincji kapucynów, Kraków 1999.

J. Marecki, Zakony żeńskie w Polsce. Słownik, Kraków 1997.

J. Marecki, Zakony męskie w Polsce. Słownik, Kraków 1997.

J. Marecki, Kościół i klasztor Kapucynów w Krakowie. Przewodnik, Kraków 1995.

J. Marecki, W. Kolak, Leksykon godeł zakonnych, Łódź 1994.

J. Marecki, Dzieje Krakowskiej Prowincji Kapucynów w okresie II wojny światowej (1939-1945), Kraków 1992.

J. Marecki, Domek Loretański w Krakowie przy kościele OO. Kapucynów, [Zakroczym 1989].

Publikacje książkowe pod redakcją

Słownik Biograficzny Polskich Archiwistów kościelnych. t. 2, red. J. Marecki, Kraków 2021.
​

Redakcja edycji źródłowej: Świadek Dziejów Narodu. Kardynał Adam Stefan Sapieha (1867-1951) w dokumentach archiwalnych, t. 1-5, Kraków 2020.

Sen o wolności, głód nadziei. Wokół protestu głodowego w Krakowie-Bieżanowie, red. C. Kuta, J. Marecki, Kraków 2019.

Słownik biograficzny polskich archiwistów kościelnych. t. 1, red. J. Marecki, Kraków 2017.

„Bić takiego wroga jak kler”. Osoby duchowne i zakonne w miejscach odosobnienia za żelazną kurtyną”, red. J. Marecki, M. Grądzka-Rejak, Kraków 2016.

Symbol-znak- rytuał. Misericordia Domini, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2016.

Symbol znak rytuał. Krajobraz semantyczny wsi i miast, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2016.

Acta educationis 2016, red. J. Marecki, G. Pala, P. Tirpak, Kraków 2016.

Acta educationis 2015, red. J. Marecki, G. Pala, P. Tirpak, Kraków 2015.

Acta educationis 2014, red. J. Marecki, G. Pala, P. Tirpak, Nowy Sącz 2014.

Duszpasterstwa środowiskowe w latach 1945-1989. archidiecezja krakowska, red.

J. Marecki, C. Kuta, Kraków 2014.

Niezłomni. W służbie Boga i Polski. Komunistyczna bezpieka wobec kardynała

Stefana Wyszyńskiego, red. J. Marecki, F. Musiał, Kraków 2014.

Symbol – znak – rytuał. Od narodzin do śmierci, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2014.

Acta educationis, red. J. Marecki, G. Pala i P. Tirpak, Kraków 2013.

Symbol – znak – przesłanie. Wytwory rąk człowieka, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2012 [ukazało się w 2013].

Symbol – znak – przesłanie. Barwy i kształty, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2012 [ukazało się w 2014].

Symbol – znak – rytuał. Doświadczenie władzy, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2012.

Symbol – znak – przesłanie. Symbolika stroju, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2011

Symbol – znak – przesłanie. Symbolika człowieka, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2011.

Represje wobec Kościoła w krajach bloku wschodniego. Komuniści przeciw religii po 1944 roku, red. J. Marecki, seria „Kościół w okowach”, Kraków 2011.

Symbol – znak – przesłanie. Symbolika roślin, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2010

Symbol – znak – przesłanie. Symbolika w heraldyce kościelnej, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2010.

Studia do dziejów klasztorów małopolskich w średniowieczu, red. J. Marecki, L. Rotter, Katowice 2009.

Niezłomni. Ku prawdzie i wolności. Komunistyczna bezpieka wobec kard. Karola Wojtyły, red. J. Marecki, F. Musiał, Kraków 2009.

Symbol – znak – przesłanie. Symbolika zwierząt, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2009.

Niezłomni. W obronie Ojczyzny i Kościoła. Komunistyczna bezpieka wobec biskupów polskich, red. J. Marecki, F. Musiał, Kraków 2008.

Lex et praxis. Prawodawstwo archiwalne, red. J. Marecki, Kraków 2007.

Cnoty i wady. Społeczeństwo baroku po obu stronach Karpat, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2007.

Symbolika roślin, Heraldyka i symbolika chrześcijańska, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2007.

Niezłomni. Nigdy przeciw Bogu. Komunistyczna bezpieka wobec biskupów polskich, red. J. Marecki, F. Musiał, Kraków 2007.

Pośrednicy łask, red. J. Marecki, , L. Rotter, Kraków 2006.

Zatroskani o ślady przeszłości. Archiwista kościelny we współczesnej rzeczywistości, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2005 [ukazało się w 2006 r.].

Dziedzictwo polskich świętych przełomu XIX i XX wieku, red. J. Marecki, K. Panuś, Kraków 2005.

Maria Immaculata. 150. rocznica ogłoszenia dogmatu o Niepokalanym Poczęciu NMP, red. J. Marecki, L. Rotter, Kraków 2004.

Cracovia sacra – krakowscy święci i błogosławieni przełomu XIX i XX wieku, red. J. Marecki, K. Panuś, Kraków 2004.

Różaniec z Ojcem Pio. Z Tajemnicami Światła, red. J. Marecki, Kraków 2002.

Adwent z Ojcem Pio, red. J. Marecki, Kraków 2002.

Modlitewnik czcicieli Ojca Pio, red. J. Marecki, Kraków 2002.

W Kościele, z Kościołem i za Kościół. Pierwsze Ogólnopolskie Spotkanie

Przedstawicieli Grup Modlitwy Ojca Pio, Tenczyn, 2–4 VI 2000, red. J. Marecki, Kraków 2001.

300 lat klasztoru kapucynów w Krakowie. 1695–1995. Księga pamiątkowa, red. J. Marecki, Kraków 1997.

Sługa Boży o. Serafin Kaszuba (1910-1977), red. J. Marecki, Kraków 1994.